2026年10月1日から、インボイス（適格請求書）を発行できない免税事業者への支払いに係る仕入税額控除の経過措置が80%から70%に縮小されます。当初の予定では50%に一気に下落するはずでしたが、令和8年度税制改正により2年延長・緩和されました。朗報ではあるものの、会計ソフトの税区分変更や帳簿記載ルールの見直しは10月1日までに完了させなければなりません。対応が遅れると消費税申告の計算誤りに直結します。今回は影響を受ける事業者と、いまやるべき実務3手順を解説します。
「仕入税額控除の経過措置」とは？基礎を確認
インボイス制度では、消費税の仕入税額控除（売上の消費税から差し引ける金額）を受けるには、原則としてインボイス（適格請求書）の保存が必要です。インボイスを発行できるのは登録番号（T＋13桁）を持つ登録事業者のみ。免税事業者はインボイスを発行できないため、免税事業者からの仕入れは本来100%の控除を受けられません。
ただし、制度開始直後からいきなり全額控除不可にすると、フリーランスや農家・個人地主などを取引先にもつ事業者に急激な負担がかかります。そこで設けられたのが経過措置です。免税事業者からの仕入れについても一定割合を消費税から控除できる緩和措置で、2023年10月の制度スタートから現在まで80%が適用されてきました。
主な対象ケースは次のとおりです。
- フリーランス・個人事業主への外注費（ライター・デザイナー・ITエンジニアなど）
- 農家・漁師など免税の一次産業者からの直接仕入れ
- 個人地主から賃借する事務所・倉庫の家賃（居住用は対象外）
- その他、インボイス未登録の個人・中小事業者からの仕入れ全般
2026年10月からどう変わる？新スケジュール一覧
令和8年度税制改正により、経過措置のスケジュールが以下のとおり改定されました。当初は2026年10月から50%に下落する予定でしたが、70%に緩和されたうえ適用期間が延長されています。
| 期間 | 控除割合 | 当初予定 |
|---|---|---|
| 〜2026年9月30日 | 80% | 80% |
| 2026年10月1日〜2028年9月30日 | 70% | 50% |
| 2028年10月1日〜2030年9月30日 | 50% | （終了予定） |
| 2030年10月1日〜2031年9月30日 | 30% | — |
| 2031年10月1日〜 | 0%（廃止） | — |
影響試算の例：免税事業者に年間で税込110万円（うち消費税相当10万円）を支払っている場合、2026年9月末までは8万円を控除できていたものが、10月以降は7万円に減り、消費税の実質負担が年1万円増えます。免税事業者への年間支払総額が大きいほど影響は膨らむため、まず自社の試算を行うことが重要です。
今すぐやるべき実務対応3手順
手順1：免税事業者の取引先をリストアップして試算する
会計データから「インボイス番号のない取引先」を抽出し、過去1年の支払実績をまとめます。国税庁の「インボイス制度 適格請求書発行事業者公表サイト」では、取引先の登録番号（T＋13桁）を入力して免税・課税を照合できます。リストが完成したら年間支払総額を集計し、控除率が80%から70%に下がる分を試算しましょう（消費税相当額の10%が追加負担の目安）。フリーランスへの外注費や個人地主への家賃などが抜け漏れになりがちな点に注意してください。
手順2：会計ソフトの税区分設定を10月前に変更する
2026年10月1日以降の取引からは、免税事業者への仕入れの税区分を「経過措置80%」から「経過措置70%」に切り替えます。freee・マネーフォワード・弥生などの主要クラウド会計ソフトは順次対応していますが、設定が自動で切り替わらないソフトもあります。9月中に設定メニューを確認し、必要に応じてアップデートと税区分の追加設定を行いましょう。切替漏れがあると消費税申告額の計算が誤るため、経理担当者への周知も忘れずに行ってください。
手順3：帳簿の摘要欄記載ルールを変更する
経過措置の適用を受けるには、帳簿の摘要欄に「経過措置の適用を受ける旨」の記載が必要です。具体的には「※経過措置80%」を「※経過措置70%」に変更します。また、10月1日をまたぐ取引（月末締め請求など）は役務の完了日・物品の引渡日で80%か70%かを判断するため、日付の正確な確認を徹底してください。免税事業者から受け取る区分記載請求書（インボイスに代わる請求書）の保存義務も引き続き残ります。
まとめ：経営者がいまやるべきこと
2026年10月1日施行のインボイス経過措置改正は、免税事業者との取引が多い事業者に直接影響します。当初予定の50%より緩和された点は朗報ですが、対応を先送りにすると消費税の計算誤りやペナルティリスクが高まります。
- 今すぐ：免税事業者の取引先リストを作成し、年間の消費税増加負担額を試算する
- 9月中：会計ソフトの税区分設定を「経過措置70%」に変更し、帳簿記載ルールを社内で共有する
- 10月以降：月またぎ取引の日付管理を徹底し、経過措置完全廃止（2031年10月）を見据えた取引先への登録促進交渉を中長期で検討する
改正の影響試算や会計ソフトの設定方法に不明点がある場合は、顧問税理士や認定経営革新等支援機関（認定支援機関）に早めに相談することをお勧めします。