インボイス制度の「2割特例」が2026年9月30日をもって終了します。あわせて、インボイス未登録の免税事業者（フリーランス・個人業者など）から仕入れた場合に使える「経過措置」の仕入税額控除割合も、2026年10月1日から80%→70%に縮小されます。消費税の実質的な納付額が増える可能性があるため、今のうちに自社の状況を確認・対応しておくことが大切です。
2割特例とは何か──なぜ2026年9月で終わるのか
2割特例とは、インボイス制度への対応を機に免税事業者から課税事業者に転換した事業者向けに設けられた時限的な負担軽減措置です。通常の消費税申告では、売上にかかる消費税（売上税額）から仕入れにかかる消費税（仕入税額）を差し引いて納税しますが、2割特例を使うと「売上税額の20%のみを納税すればよい」という計算に簡素化されます。
この特例は2023年10月から3年間の時限措置として設けられたため、2026年9月30日で終了します。個人事業主は2026年分の確定申告（2027年3月申告）まで適用できますが、法人は2026年9月30日を含む事業年度が最後です。決算期によって終了タイミングが異なるため、自社の事業年度を確認しておきましょう。
2割特例終了後の選択肢──新設「3割特例」と簡易課税制度
令和8年度税制改正により、2割特例に代わる「3割特例」が新設されました。主な違いを比較します。
| 項目 | 2割特例 | 3割特例（新設） |
|---|---|---|
| 適用期間 | 2023年10月〜2026年9月 | 2027年・2028年の2年間のみ |
| 対象者 | 個人・法人（課税転換事業者） | 個人事業主のみ（法人は対象外） |
| 納付税額 | 売上税額×20% | 売上税額×30% |
| 事前届出 | 不要 | 不要（確定申告書に付記するだけ） |
法人は3割特例の対象外です。代替手段として「簡易課税制度」への切り替えを検討してください。簡易課税とは、業種ごとに定められた「みなし仕入率」（卸売業90%・小売業80%・製造業70%など）を使って消費税を計算する制度で、実際の仕入れ記録の管理が大幅に楽になります。
なお、今回の改正で「2割特例が終わった年の翌年の確定申告期限までに届出書を提出すれば、遡って簡易課税を適用できる」という特例措置も新設されました。本来は適用したい課税期間が始まる前年度末までに届出が必要ですが、この特例により選択の猶予が広がっています。
免税事業者との取引に注意──仕入税額控除が段階縮小
自社がインボイス未登録の免税事業者から仕入れを行っている場合、その消費税分に対する仕入税額控除の割合（経過措置）が段階的に引き下げられます。令和8年度税制改正では当初の3段階から5段階に細分化され、控除期間が延長されました。
| 期間 | 控除割合 |
|---|---|
| 〜2026年9月30日 | 80% |
| 2026年10月1日〜2028年9月30日 | 70% |
| 2028年10月1日〜2030年9月30日 | 50% |
| 2030年10月1日〜2031年9月30日 | 30% |
| 2031年10月1日以降 | 0%（全額自社負担） |
たとえば、フリーランスなどのインボイス未登録業者から年間110万円（税込）の仕入れをしている場合、消費税10万円のうち控除できる金額が：
- 〜2026年9月：8万円（80%）
- 2026年10月〜：7万円（70%）
と実質1万円の税負担増になります。複数の免税業者と取引している場合は影響が積み重なるため、取引先リストを整理してインボイス登録状況を確認しておくことが重要です。
まとめ：経営者が今やるべきこと
9月末まで残り約2か月半。以下の3点を今すぐ確認・実施してください。
- 自社の消費税計算方法を確認する：2割特例を使っている場合、10月以降の納付税額をシミュレーション。法人は簡易課税への切り替えを税理士と早めに相談することをおすすめします。
- 取引先のインボイス登録状況を確認する：免税事業者からの仕入れは10月から控除率が下がります。国税庁の「インボイス登録番号照会システム」で取引先を確認し、必要に応じてインボイス登録を促しましょう。
- 資金繰り計画を見直す：消費税の納付額増加を見込んで、来期の資金計画に余裕をもたせておく。3月・8月の消費税中間納付時期に手元資金が不足しないよう注意が必要です。
制度の変わり目は見落としがちですが、対応が遅れると税負担が増えるだけでなく、取引先との関係にも影響しかねません。不明な点は早めに税理士や国税庁の相談窓口を活用してください。